Thứ nhất, về phạm vi điều chỉnh: Thông tư số 17 quy định cụ thể hơn đến các nguồn kinh phí: nguồn NSNN; nguồn phí được để lại theo chế độ quy định và các nguồn từ khoản thu hợp pháp khác của cơ quan nhà nước; nguồn thu từ dịch vụ khám bệnh, chữa bệnh, dịch vụ y tế dự phòng, học phí và nguồn thu phí theo pháp luật về phí, lệ phí của đơn vị sự nghiệp công lập.
Thứ hai, về đối tượng : Thông tư bổ sung “hệ thống KBNN” mở rộng quy mô giao dịch chứ không đơn thuần chỉ giao dịch thông qua tài khoản mở tại các KBNN.
Thứ ba, nguyên tắc kiểm soát, thanh toán qua KBNN gồm 4 khoản gồm các nội dung theo quy định cả về điều kiện chi NSNN theo Luật NSNN, các quy định cụ thể về kiểm soát chi lương, thu nhập tăng thêm, mua sắm tài sản theo các phương thức, kiểm soát chi từ tài khoản tiền gửi, về tạm ứng, thanh toán tiền mặt và hình thức giao dịch điện tử qua dịch vụ công của KBNN... đây là những quy định được tích hợp từ luật, nghị định và các văn bản pháp luật liên quan.
Một trong những lưu ý mà các đơn vị sử dụng Ngân sách cần quan tâm đó là quy định tại khoản 1.3, Điều 2: “KBNN kiểm soát định mức (mức chi) theo quy định tại các văn bản quy phạm, pháp luật. Trường hợp các cơ quan, đơn vị đã được cấp có thẩm quyền cho phép thực hiện theo cơ chế tự chủ thì kiểm soát đảm bảo theo đúng quy chế chi tiêu nội bộ và phù hợp với dự toán được giao tự chủ”.
Quy định nêu trên đã nâng tầm từ nội dung thành nguyên tắc kiểm soát và thanh toán, tăng thêm quyền cũng như trách nhiệm của các đơn vị sử dụng ngân sách trong việc xây dựng quy chế chi tiêu nội bộ. Tuy nhiên, để công tác kiểm soát chi đạt kết quả cao, các đơn vị sử dụng ngân sách cần nghiên cứu kỹ các quy định để xây dựng quy chế chi tiêu nội bộ phù hợp với từng loại hình tự chủ, khả năng nguồn kinh phí và đặc biệt là thẩm quyền của mỗi đơn vị trong việc quy định các tiêu chuẩn, định mức áp dụng tại đơn vị.
Thứ tư, về nội dung kiểm soát: Thông tư số 17 bổ sung thêm 7 nội dung ( nhiều hơn 2 nội dung so với Thông tư số 62) để quy định rất rõ về trách nhiệm và quyền hạn của các đơn vị sử dụng ngân sách. Ngoài việc tuân thủ các quy định của luật và các quy định của pháp luật, đơn vị sử dụng ngân sách phải chịu trách nhiệm về tính chính xác, tính hợp pháp theo quy định của pháp luật đối với chứng từ chuyển tiền và các hồ sơ kèm theo chứng từ chuyển tiền thuộc thủ tục hành chính gửi KBNN được quy định tại các nghị định của Chính phủ; đồng thời chịu trách nhiệm nghiệm thu khối lượng mua sắm, dịch vụ theo quy định của pháp luật.
Thứ năm, thông tư cũng đã quy định rõ hơn trách nhiệm của đơn vị sử dụng ngân sách khi bảo lãnh tạm ứng hết thời hạn nhưng đơn vị sử dụng ngân sách chưa thanh toán hết số tiền tạm ứng, đơn vị sử dụng ngân sách có trách nhiệm làm thủ tục gia hạn bảo lãnh tạm ứng và gửi KBNN để làm căn cứ kiểm soát chi theo quy định. Đơn vị sử dụng ngân sách chịu trách nhiệm theo dõi về thời gian hiệu lực của bảo lãnh tạm ứng.
Thứ sáu, đối với các khoản chi lương và phụ cấp theo lương; tiền công lao động theo hợp đồng; tiền thu nhập tăng thêm, chi hỗ trợ, trợ cấp, phụ cấp khác, khoán, khen thưởng: trong trường hợp đầu năm chưa có văn bản phê duyệt chỉ tiêu biên chế của cấp có thẩm quyền thì KBNN thực hiện việc kiểm soát căn cứ vào văn bản giao chi tiêu biên chế của cấp có thẩm quyền năm trước liền kề và văn bản đề nghị, cam kết của đơn vị sử dụng ngân sách.
Thứ bảy, đối với phân phối kết quả tài chính trong năm của đơn vị sự nghiệp công lập, KBNN căn cứ đề nghị trích lập quỹ của đơn vị sự nghiệp công thực hiện trích quỹ và chuyển tiền sang tài khoản tiền gửi tại ngân hàng thương mại hoặc tài khoản tiền gửi tại KBNN của đơn vị sự nghiệp công theo đề nghị của đơn vị. KBNN không kiểm soát việc sử dụng các quỹ. Đơn vị sự nghiệp công chịu trách nhiệm quản lý, sử dụng và chi tiêu theo đúng quy định của pháp luật.